El nombre se debe a que es la ciudad del amor y de la hermandad, donde los padres de la patria declararon la independencia. Por esto se trata el tema de los derechos humanos. Hanks interpreta a Andrew Beckett, un abogado joven y prometedor, que trabaja para una firma de abogados muy prestigiosa en Filadelfia: "Wyant, Wheeler, Hellerman, Tetlow & Brown". Andrew, después de varios años trabajando con total dedicación a sus casos, y a sus clientes, recibe la noticia, de parte de su jefe Charles Wheeler, que ha sido elegido para representar a la Firma en el que según ellos, es el caso más importante que han tenido: una demanda para los Sistemas Sander.
Andrew, un humilde trabajador con total regocijo y compromiso, les promete a sus colegas que les hará ganar. Sin embargo, la misma noche que Andrew recibe la gran noticia, uno de sus socios, Walter Kenton, nota una misteriosa cicatriz oscura en su frente, a pesar de que Andrew alega que sólo fue el golpe de una bola de tenis, Kenton comienza a sospechar que hay algo malo que gira en torno a su joven colega. Algo horrible y escandaloso. Al cabo de nueve días de trabajar sin descanso con tal de completar su trabajo, Andrew deja un documento sobre la mesa de su escritorio y una copia en el disco duro de su ordenador, lleno de orgullo.
Pero lentamente va sufriendo problemas de salud con más y más frecuencia. En una de sus visitas al hospital, recibe una noticia alarmante: La demanda ha desaparecido, no existe ningún vestigio de su paradero. Con desesperación, todos en Whyant Wheeler se desquician para intentar encontrarla antes que se acabe el tiempo. Afortunadamente, se encuentra una copia de la demanda, y Whyant Wheeler logra ganar el caso. Pero días más tarde, Andrew es llamado a oficina de sus jefes, donde estos le dicen que debido a su "incompetencia", será despedido. Sin embargo, el joven abogado se da cuenta de la verdadera razón.
Unas semanas después, en su oficina, el abogado Joseph Miller, que acaba de ser padre, recibe en su oficina a un hombre de aspecto aterrador, su rostro marcado de cicatrices, ojeras y su cabello y barba rapados, comenzando a nacer: Andrew Beckett. Algo sorprendido, Miller le pregunta qué le sucede y Andrew responde que padece sida, lo que aterra a Miller, pero aun así le atiende. Andrew explica que desea demandar a su antigua firma, Whyant Wheeler, por despido injusto, explica pues la historia "de ellos": Andy es un abogado mediocre, incompetente y agresivo. Pero la verdadera razón, fue víctima de discriminación.
Andrew le narra su historia a Miller, alegando que ha sido saboteado, que no había razón para decir que era un incompetente debido a su gran capacidad y dedicación, sino la verdadera razón era que había sido echado por su enfermedad. Pero Joe le ignora, diciendo que no ve en su historia un motivo para llevar a juicio a una Firma tan poderosa como Whyant Wheeler. Sin embargo, Joe tiene sus propias razones: una mentalidad homofóbica, discriminatoria y miedo a esa enfermedad misteriosa. Andrew, aun así, cuenta con el apoyo de su familia y su novio Miguel Álvarez (un joven Antonio Banderas), ya sin esperanza de encontrar representación en un mundo de discriminación, decide tomar todo el caso en sus propias manos.
Una noche en la biblioteca, Joe y Andrew se encuentran. Después de comprender la injusticia y la inhumanidad de los rivales de Andrew, Joe se conmueve, y aún con algo de recelo, toma el caso de Andrew. A lo largo del caso, los dos abogados encuentran grandes obstáculos, como los ataques de la astuta e inteligente abogada de Whyant Wheeler, Belinda Conine. A lo largo de un juicio infernal, que dura meses interminables, Andrew y Joe forjan una amistad inesperada en medio de un mundo de odio e intolerancia, Joe comienza a derribar poco a poco todas sus ideas discriminatorias en contra de los homosexuales y en contra del VIH, y Andy se da cuenta que es posible encontrar personas como Joe, que no tengan miedo de hacer la diferencia.
Una noche, en la que se supone que deberían ensayar el interrogatorio de Andy del día siguiente, este aleja a Joe del tema, y de una manera conmovedora le explica a su compañero cómo ha llegado a darse cuenta que no hay manera de sobrevivir al VIH, y sin embargo estar listo para afrontar la muerte y le pone el aria de la opera Andrea Chernier de Humberto Giordano, interpretada por Maria Callas, La Mamma Morta. Joe se ve obligado a concluir el juicio solo, debido a que Andrew, enfermo e incapaz de seguir, se encuentra hospitalizado.
Después de una larga batalla legal, la honradez y amistad de los dos abogados, hacen que Joe pueda desenmascarar la corrupción y la discriminación de Whyant Wheeler y que puedan ganar el juicio. La última vez que Andrew y Joe se encuentran es en la conmovedora escena del hospital, en la que Andy se despide de su familia, sabiendo que esa noche morirá, y diciéndole a su novio, Miguel, valiente, que está preparado. La película concluye en el funeral de Andrew, donde todos sus amigos y familiares comparten en paz imágenes de su niñez.
